Le Musée Océanographique de Monaco est structuré sur cinq niveaux distincts. L'aquarium est situé au deuxième sous-sol. La dernière modernisation date de l'an 2000 et a vu, entre autres, la création du Lagon des Requins, un volumineux bac de 400 000 litres d'eau de mer. Les deux salles voisines, l'une dédiée à la Mer Méditerranée et la seconde aux mers tropicales, englobent une centaine de bacs, plutôt traditionnels et de taille réduite, où sont présentées diverses espèces de poissons. La pédagogie y est bien développée et quelques idées intéressantes sont présentées ici, comme le bassin "Dangers sous la mer" ou le bac des langoustines. Le rez-de-chaussée et le premier niveau du bâtiment incluent quatre vastes salles où sont présentées diverses expositions permanentes et temporaires, plus ou moins liées au monde de la mer et aux recherches océanographiques. Enfin, la terrasse, située au deuxième niveau et à plus de 85 mètres au-dessus des flots, permet d'avoir une vue plongeante sur la mer voisine et sur la Principauté de Monaco. C'est là qu'a été aménagée en 2012 L'Île aux Tortues, nouvel espace spécifique où sont présentées sept tortues sillonnées (Geochelone sulcata) offertes par le Mali.

Le Musée Océanographique de Monaco reste un fort pôle touristique et pédagogique, mais son aquarium a tout de même vieilli et il est évidemment difficile de développer des techniques modernes dans un lieu pensé et aménagé il y a plus de 100 ans !