Très vite, La Ferme aux Crocodiles rencontre un succès croissant et les visiteurs affluent. Le premier agrandissement a lieu en décembre 1998 avec l'adjonction d'une nouvelle zone et de nouveaux bassins pour les crocodiles du Nil, ainsi qu'un laboratoire, une écloserie et une nurserie, tous visibles du public. La serre totalise alors 6500 m² !
En 2000, l'arrivée d'un groupe de six jeunes gavials du Gange (Gavialis gangeticus), directement en provenance du Népal, est un événement marquant ; c'est en effet une espèce très rare en captivité en Europe et particulièrement menacée dans son habitat naturel. C'est aussi le fruit d'une intense collaboration entre les équipes de La Ferme aux Crocodiles et le gouvernement népalais.

En 2002, La Ferme aux Crocodiles accueille les premiers reptiles non-crocodiliens : une dizaine de tortues géantes des Seychelles (Geochelone gigantea) et quelques tortues éléphantines (Chelonoidis nigra). En 2004, le deuxième agrandissement majeur porte la serre à une surface totale de 8000 m². Suite à son engagement et sa renommée internationale dans la recherche scientifique et la conservation animale, La Ferme aux Crocodiles se voit aussi confier l'organisation du 18e congrès de l'IUCN-SSC Crocodile Specialist Group qui accueille plus de 350 personnes de 43 nationalités différentes.

Finalement, en avril 2007, les frères Fougeirol vendent La Ferme aux Crocodiles au Groupe Montparnasse 56, qui gère déjà la Tour Montparnasse à Paris et la Berliner Fernsehturm dans la capitale allemande. Une nouvelle politique d'investissement est mise en place avec l'objectif d'accueillir 400 000 visiteurs par an à moyen terme. Un de ces développements majeurs est l'inauguration en 2010 d'une vaste zone extérieure de 4000 m², avec plusieurs bassins, une aire de jeux, une aire de découverte des zones humides et un second point de restauration. Cet agrandissement permet encore d'augmenter le temps de visite et de décongestionner la serre tropicale. Cette même année, un couple d'alligators d'Amérique albinos est importé directement de Louisiane ; c'est alors une première en France et en Europe !

Depuis 1994, la collection présentée à Pierrelatte s'est bien étoffée et 9 des 23 espèces de crocodiliens y vivent aujourd'hui : crocodile du Nil (Crocodylus niloticus), crocodile à front large (Osteolaemus tetraspis), faux-gavial de Malaisie (Tomistoma schlegelii), alligator d'Amérique (Alligator mississippiensis), alligator de Chine (Alligator sinensis), caïman à lunettes (Caiman crocodilus), caïman noir (Melanosuchus niger), caïman nain de Cuvier (Paleosuchus palpebrosus) et gavial du Gange (Gavialis gangeticus).

Avec 8000 m² de serre tropicale et 4000 m² d'espace extérieur, La Ferme aux Crocodiles accueille entre 300 000 et 330 000 visiteurs chaque année. Même si le concept s'est étendu à divers autres espaces zoologiques, La Ferme aux Crocodiles reste un centre de référence à l'échelle européenne en matière de présentation, d’élevage et de conservation des crocodiliens. Les projets actuels incluent la conception d'une nouvelle serre tropicale de 2000 m² pour d'autres reptiles, tels que des varans et des gros serpents.

La fermeture et le démantèlement de l'usine d'enrichissement Georges-Besse en 2012 a nécessité, par ailleurs, de se tourner vers une nouvelle source d'énergie, en l'occurrence une chaudière au bois, pour chauffer l'espace intérieur de La Ferme aux Crocodiles.