Une présentation d'animaux européens, et en particulier alpins, tels que chamois, bouquetins et ours bruns, était également à l'ordre du jour. L'initiative et ses modalités furent approuvées et la première réunion des actionnaires eut lieu la même année. Le Zoo de Bâle, premier espace zoologique suisse, fut enfin inauguré le 3 juillet 1874. Sur une superficie de 4,3 hectares, la collection animale était alors constituée d'une centaine de mammifères et d'environ 400 oiseaux. Le Zoo de Bâle attira 62 000 visiteurs dès sa première année d'existence.
Quelques années plus tard, la vocation du Zoo de Bâle fut modifiée. Suite aux difficultés rencontrées quant à l'élevage des délicates espèces alpines et pour stimuler et renouveler l'intérêt du public, les premiers animaux exotiques furent accueillis. En 1884, après dix ans d'existence, le Zoo de Bâle acquit, pour la première fois, de nouveaux terrains. D'autres acquisitions de superficie furent effectuées en 1929, 1939 et 1959.

La Société des Amis du Jardin Zoologique de Bâle (Freunde des Zoologischen Garten Basel) fut créée en 1919 du fait de la crise économique qui suivit la première guerre mondiale. La promotion du zoo qu'elle entreprit et son aide financière ont de tout temps étaient très importantes pour le Zoo de Bâle, et le sont encore aujourd'hui.
Bien que la Suisse ne participa pas à la guerre et resta neutre, le Zoo de Bâle fut fortement influencé par cette période difficile que traversa l'Europe. Parallèlement, le négociant d'animaux et créateur du Zoo d'Hambourg (Allemagne), Carl Hagenbeck, généralisa sa conception innovante des installations zoologiques et plusieurs enclos faisant appel à cette nouvelle approche furent également inaugurés à Bâle.

Lorsque Adolf Wendnagem, à la tête du zoo depuis 1914, se retira en 1944, la direction fut confiée à Heini Hediger. Ce dernier avait tout d'abord travaillé au Tierpark Dählhölzli de Berne (Suisse). Heini Hediger était alors connu en tant que biologiste et, durant ses années de service à la direction des zoos suisses, il développa la biologie des espaces zoologiques, Zoo Biology, et en fit une science. Les idées d'Hediger ont fourni la base aux développements des espaces zoologiques modernes. Son influence est d'une importance comparable à celle de Carl Hagenbeck, mais ses idées ont eu besoin de plus de temps pour être développées et mises en application.
Les premiers temps de la direction d'Hediger furent difficiles. La dernière année de la seconde guerre mondiale, et bien que la Suisse fut à nouveau neutre, fut accompagnée de difficultés économiques, du risque d'invasion territoriale, de pénurie de nourriture et de carburant. Lorsqu'elle prit fin en mai 1945, une nouvelle période commença pour le Zoo de Bâle et un plan de développement, incluant la rénovation et la construction de nouvelles installation, fut décidé par Hediger.
En 1953, Hediger, appelé à la direction du Zoo de Zürich (Suisse), céda à son successeur un zoo moderne géré selon des critères scientifiques. C'est ainsi qu'Ernst M. Lang, puis Dieter Rüedi, Peter Studer et enfin Olivier Pagan depuis 2002, suivirent le chemin tracé. De très nombreuses installations virent le jour et d'autres furent complètement rénovées. En 1999, le Zoo de Bâle fêta ses 125 ans d'existence.

Le Zoo de Bâle, populairement connu sous le nom de Zolli, est, malgré une superficie relativement petite de 11 hectares, un espace zoologique d'une importance et d'une réputation fort reconnues au sein de la communauté zoologique internationale. Ses excellents résultats d'élevage d'espèces menacées et délicates telles que les gorilles des plaines, les hippopotames pygmées ou encore les okapis sont partout reconnus. Les installations du Zoo de Bâle ont, d'autre part, souvent servies de modèles pour d'autres espaces zoologiques.

Après avoir franchi l'entrée du Zoo de Bâle, le visiteur se trouve sur une petite place ; une boutique et une cafétéria sont situées à droite, tandis que l'entrée du vivarium est en contrebas à gauche. Le vivarium du Zoo de Bâle a été inauguré au printemps 1972 et représente depuis une particularité architecturale au sein des espaces zoologiques.
Le parcours de visite est un couloir en colimaçon de 380 mètres de long. Le visiteur pénètre tout d'abord à la base de la construction et découvre quelques aquariums où sont présentées des espèces d'eau douce. En débutant son ascension, il passe ensuite dans le monde marin représenté par de nombreuses espèces et maintenu dans l'obscurité puis il atteint l'enclos des manchots avant de découvrir les reptiles et les amphibiens présentés dans des terrariums lumineux, aménagés de façon judicieuse. Cette remontée vers la surface à partir des origines marines jusqu'à la conquête terrestre cherche à illustrer l'évolution même de la vie.
Plus de 5000 animaux appartenant à 450 espèces sont présentés au sein des 4300 m² du vivarium. 46 aquariums totalisant 265 000 litres d'eau dont 146 000 litres d'eau de mer sont associés à 24 terrariums de présentation. Le plus grand aquarium a un volume de 40 000 litres tandis que le plus petit renferme 300 litres. Les coulisses du vivarium sont aménagées avec plus de 110 aquariums, lieux de quarantaine et d'élevage.
Des manchots royaux (Aptenodytes patagonicus) cohabitent avec des manchots papous (Pygoscelis papua) dans l'enclos situé à la transition entre le milieu marin et le milieu terrestre. Ces deux espèces sont très peu courantes en captivité et le Zoo de Bâle est fier d'avoir réussi la reproduction et l'élevage de manchots royaux dès 1988. La parade des manchots, qui a lieu en hiver lorsque la température descend en dessous de 10°C, entraîne les visiteurs à la suite des manchots dans une promenade singulière à travers le zoo.
Des crocodiles de Johnson (Crocodylus johnsoni) vivent dans le bassin concluant la visite au vivarium. Le visiteur emprunte ensuite un ponton en bois qui surplombe un plan d'eau où vivent de grands cormorans (Phalacrocorax carbo sinensis) et rejoint la place évoquée précédemment.

L'installation des ursidés a été inaugurée en 1930 selon le modèle introduit par Carl Hagenbeck. Le premier enclos, séparé du public par un fossé sec, abrite des ours malais (Helarctos malayanus). Cette espèce, dont la reproduction en captivité est délicate, a engendré une portée pour la première fois en 1978 à Bâle.
Les trois autres fosses se trouvent un peu plus loin sur la droite du sentier et sont regroupées dans une structure commune. Un fossé rempli d'eau permet la séparation avec le public et est également un lieu d'évolution des animaux. Des éléments naturels, tels que troncs d'arbres ou branchages, agrémentent le sol bétonné et le fond rocheux, typiques de ces installations. Des loutres du Canada (Lontra canadensis) vivent dans la première fosse, qui fut longtemps le lieu de vie des ours bruns du parc.
La deuxième fosse, de superficie plus importante, a abrité des ours polaires jusqu'à la fin des années 1990. En effet, la présentation d'ours blancs dans les zoos suisses fut remise en question au cours de la dernière décennie. Un choix s'imposait aux zoos de Bâle et de Zürich. Il fallait décider de construire de nouvelles installations ou de cesser la présentation de cette espèce, qui requiert un important investissement tant au niveau de l'enrichissement du milieu que des installations. C'est ainsi que le Zoo de Bâle envoya ses ours blancs au Safari de Peaugres (France). Le couple du Zoo de Zürich, quant à lui, fut transféré en mars 1999 au Zoo de La Flèche (France). La libération d'espace permit d'offrir des conditions de vie plus appropriées à d'autres espèces. Les ours bruns (Ursus arctos) de Bâle disposèrent ainsi d'un plus grand enclos.
Des ours à lunettes (Tremarctos ornatus) occupent la troisième et dernière fosse. Ces deux dernières espèces se sont reproduites régulièrement dans l'histoire du Zoo de Bâle.

L'espace africain, aménagé à l'arrière de l'installation des ursidés, a été construit en deux étapes en 1992 et 1993. Trois espèces africaines, zèbre de Grant (Zebra burchellii boehmi), autruche sud-africaine (Struthio camelus australis) et hippopotame amphibie (Hippopotamus amphibius), cohabitent au sein de cette installation. Le vaste terrain marneux, structuré par des îlots de verdure, est articulé tantôt en vastes secteurs ensoleillés tantôt en zones ombragées par d'impressionnants sophoras. L'espace disponible offre aux autruches le parcours répondant à leur caractère de coursières et permet également aux zèbres de galoper en groupe. Les deux bassins qui longent l'enclos en le séparant des visiteurs sont le lieu de vie des hippopotames. Le pavillon africain, inauguré en 1993, se trouve à l'arrière de l'enclos et abrite les boxes des équidés ainsi qu'un bassin intérieur pour les hippopotames. La maison des autruches, achevée en 1992, est située à l'opposé de l'installation.
Cohabitation innovante au début des années 1990, ce type de présentation s'est de plus en plus généralisé dans les espaces zoologiques modernes. La vie commune des espèces considérées n'est pas toujours de tout repos et il n'est pas rare d'observer l'autruche mâle protéger ses rejetons face aux zèbres ou l'étalon repousser les hippopotames dans leur milieu aquatique. Certaines zones et îlots de l'enclos ont justement été délimités pour ces derniers. Malgré ces interactions, qui apparaissent particulièrement en présence de jeunes, cette cohabitation offre d'intéressantes modalités d'enrichissement pour les animaux et également un superbe panorama africain pour les visiteurs.
Les trois espèces africaines vivant dans cette installation se reproduisent régulièrement. Le couple d'hippopotames, constitué de Wilhem der Grosse, né le 15 juillet 1990, et d'Hervetia, née le 1er août 1991, a engendré de nombreux rejetons. Le dernier, une femelle nommée Asita, a vu le jour le 12 octobre 2003. Le harem de zèbres de Grant est composé de six individus. Rahani est né le 27 mai 1994, Sawa est né le 9 septembre 1989, Kalungu est né le 30 juin 1987 et Syberia est né le 13 octobre 1992. Avuanga et Arua sont les derniers-nés, respectivement le 8 juin 2003 et le 24 août 2003. Le couple d'autruches, composé de Baringo, mâle né en 1994, et de Manyara, femelle née en 1992, est également fort prolifique. Cinq autruchons ont éclos entre le 15 et le 18 février 2004.

Le rocher des singes, inauguré en 1930 selon les conceptions émergentes de Carl Hagenbeck, a été rénové en 1993. Une colonie constituée de plus de 50 macaques crabiers (Macaca fascicularis) y évolue aujourd'hui. Le petit pavillon, divisé en deux enclos intérieurs, a également été complètement rénové en 1993 et un deuxième enclos extérieur, délimité par un fossé rempli d'eau, lui a été adjoint. Il abrite maintenant un groupe de makis cattas (Lemur catta).

Le premier anthropoïde présenté au Zoo de Bâle fut un orang-outan arrivé de Sumatra en 1900. Les années 1940, marquées par les difficultés engendrées par la seconde guerre mondiale, furent rudes et le dernier anthropoïde du zoo, un chimpanzé, mourut en 1944. Après cette période, la présentation de ces animaux pu à nouveau être envisagée. C'est ainsi qu'un gorille des plaines fut accueilli en 1947. Cette femelle, nommée Achilla, était la première représentante de son espèce à Bâle.
Le Zoo de Bâle ne possédait pas à cette époque de bâtiment conçu spécifiquement pour accueillir de grands primates. Le pavillon des oiseaux, inauguré en 1927, était alors le seul qui puisse faire l'affaire et quelques modifications furent effectuées avant d'y présenter les grands singes. Un gorille mâle, nommé Stefi, fut acquis en 1954 en provenance du Zoo de Columbus (États-Unis) et un couple put ainsi être formé. En 1959, un gorille vit le jour à Bâle. Cette première en Europe fut reconnue par la communauté internationale et longtemps montrée en exemple. La petite Goma ne fut malheureusement pas élevé par sa mère et dut être prise en charge par le directeur Ernst M. Lang et sa femme. En 1961 naquit Jambo, gorille mâle. Ce fut le premier gorille mâle né en captivité et le premier gorille à être naturellement élevé par sa mère, Achilla. Il fut vendu en 1971 au Zoo de Jersey (Royaume-Uni) et s'avéra être un mâle reproducteur très prolifique. Les naissances et les arrivées de gorilles à Bâle suivirent au cours des années suivantes. Un couple reproducteur d'orangs-outans de Sumatra vivait également aux côtés des gorilles dans le pavillon des oiseaux. Celui-ci s'était fait connaître dès 1958 par une naissance bientôt suivie d'autres.

En 1969 fut inauguré le pavillon des anthropoïdes du Zoo de Bâle. Celui-ci est composé de plusieurs enclos intérieurs vitrés, pour éviter toute transmission de maladies entre visiteurs et animaux. Le couloir de service, situé à l'arrière des cages, est séparé de celles-ci par des grillages. Un fond végétal ajoute un peu de naturel aux structures bétonnées. Des branchages, des cordages, des sacs de jute, des pneus, de la paille et bien d'autres enrichissements agrémentent chaque cage. Deux petites cages extérieures permettent également aux primates de parcourir quelques mètres à l'extérieur. Des plans pour la construction d'un vaste enclos extérieur pour les gorilles ont été réalisés en 2004 et les travaux devraient débuter prochainement.
En 1970, la deuxième section du quartier des primates fut inaugurée. Il s'agissait du même type d'enclos que ceux des anthropoïdes mais, cette fois, de plus petite taille. Là aussi, l'aménagement et l'enrichissement de chaque cage ont été développés au cours des années et des idées du moment. De petites cages, non visibles du public et situées sur le toit du pavillon, permettent aux animaux d'accéder à la lumière du jour. La médecine vétérinaire, dont les applications en espace zoologique progressent d'années en années, a démontré récemment le besoin de lumière naturelle des mammifères diurnes. Une île de 250 m², attenante à l'installation des primates, a été ajoutée en 1999. Un fossé d'eau, large de 4,5 mètres, entoure l'île et rejoint le bassin voisin des pélicans.

Après les naissances exceptionnelles de 1959 et 1961, les gorilles du Zoo de Bâle continuèrent à se reproduire de manière remarquable et un gorille de deuxième génération, à nouveau une première en captivité, naquit en 1971. Plus de 20 naissances suivirent dont la dernière date d'août 2002. Un représentant de la troisième génération a vu le jour en 1990.
Le groupe de gorilles des plaines de l'Ouest (Gorilla gorilla gorilla) du Zoo de Bâle est actuellement composé de 10 individus, 4 mâles et 6 femelles. Goma, femelle née le 23 septembre 1959 à Bâle, est la fille de Stefi et d'Achilla. Kati, femelle née en 1961 en Afrique, est arrivée à Bâle le 10 février 1962. Quarta, femelle née le 17 juillet 1968 à Bâle, est la fille de Stefi et d'Achilla. Faddama, femelle née le 2 février 1983 à Bâle, est la fille de Pepe et de Quarta. Kisoro, mâle né le 14 mars 1989 au Zoo de Krefeld (Allemagne), est arrivé à Bâle le 6 décembre 1996. Joas, femelle née le 6 juillet 1989 à Apenheul (Hollande), est arrivée à Bâle le 6 décembre 1996. Vizuri, mâle né le 17 février 1998 à Bâle, est le fils de Quarta. Viatu, mâle né le 20 décembre 1998 à Bâle, est le fils de Faddama. Wima, femelle née le 9 janvier 1999 à Bâle, est la fille de Joas. Zungu, mâle né le 2 août 2002 à Bâle, est le fils de Kisoro et de Joas.

Les orangs-outans de Sumatra (Pongo pygmaeus abelii) ont également apporté, à leur mesure, une renommée internationale au Zoo de Bâle. En 1974, la femelle Kasih donna naissance à des jumeaux, événement exceptionnel. Après douze années d'arrêt dans la reproduction d'orangs-outans, un petit vit à nouveau le jour en juin 2002. Un autre le suivit le 18 octobre 2003. Aris, fils de Schubbi et d'Ogan, souffrant d'une infection mineure peu après sa naissance, dut être élevé à la main avant d'être transféré à la nursery du Zoo de Stuttgart (Allemagne) en avril 2004. Le groupe vivant actuellement à Bâle est constitué de 7 individus, 1 mâle et 6 femelles. Schubbi, mâle adulte, reconnaissable à ses joues épaisses, est accompagné de deux vieilles femelles, Elsi et Kasih, de deux femelles adultes, Sexta et Farida, et de deux filles de Farida, Ogan, née en 1988 au Zoo de Zürich (Suisse), et Ziadah, née à Bâle le 21 juin 2002.

Le groupe de chimpanzés d'Afrique occidentale (Pan troglodytes verus) est composé de 10 individus, 3 mâles et 7 femelles. Eros est né en 1962, Jacky en 1967, Lua en 1970, Xindra le 23 octobre 1975, Benga le 17 septembre 1979, Quamisha le 21 mai 1993, Swela le 19 octobre 1995, Unyoro le 25 février 1997, Wakili le 27 mai 1999 et Zamana le 12 décembre 2002. Tana, femelle née le 7 mai 1971 à Bâle, est morte le 11 mai 2004. Il s'agissait de la première naissance de cette espèce au Zoo de Bâle. Elle a été mère de sept rejetons tout au long de sa vie au zoo.
D'intéressantes boîtes transparentes, installées dans les enclos des chimpanzés, sont parsemées d'orifices divers et remplies d'aliments variés. Les animaux ont ainsi la possibilité de chercher à l'aide de bâtons fins la nourriture difficile d'accès.

Dans les années 1960 et 1970, le Zoo de Bâle était connu mondialement pour sa collection de primates composée de remarquables groupes reproducteurs de nasiques (Nasalis larvatus), de doucs (Pygathrix nemaeus), de guérézas des Ruwenzori (Colobus angolensis ruwenzorii) et de gibbons de Kloss (Hylobates klossii).
Aujourd'hui, la section des primates est principalement consacrée aux singes sud-américains. Des saimiris à tête noire (Saimiri boliviensis), des callicèbes roux (Callicebus cupreus), espèce peu courante ex situ, des tamarins-lions dorés (Leonpithecus rosalia), des tamarins pinchés (Saguinus oedipus), des tamarins labiés (Saguinus labiatus), des atèles à mains noires (Ateles geoffroyi), des sakis à tête pâle (Pithecia pithecia) et un exceptionnel groupe reproducteur de singes laineux (Lagothrix lagotricha) se partagent les enclos intérieurs. Un deuxième groupe de makis cattas (Lemur catta) est également présenté dans ces structures. Les singes laineux et les saimiris ont accès à la vaste île naturelle et y cohabitent.

Tout en longeant l'île des primates, le visiteur traverse un petit pont de bois et trouve à sa gauche le plan d'eau où vit une colonie de pélicans blancs (Pelecanus onocrotalus). Cette installation a été complètement assainie en 1998, les berges ont été revégétalisées et un bâtiment d'élevage a été adjoint. Des ragondins (Myocastor coypus) sont présentés dans deux petits enclos aménagés avec bassins et fond rocheux.

Le pavillon des oiseaux a été inauguré en 1927 et compte ainsi parmi les bâtiments les plus anciens du Zoo de Bâle. Il a été transformé à plusieurs reprises et a abrité, entre autres, de 1947 à 1969, des groupes reproducteurs de gorilles et d'orangs-outans. Il fut ensuite consacré aux reptiles et aux oiseaux et est aujourd'hui uniquement dédié à cette dernière classe d'animaux.
Des ibis rouges (Eudocimus ruber) et des aigrettes garzettes (Egretta garzetta) cohabitent dans une vaste volière extérieure située à droite de l'entrée. A l'intérieur, un vaste hall est agrémenté d'une végétation opulente. Une dizaine d'espèces vivent en liberté dans cette zone : touraco à bec noir (Tauraco schuettii), guit-guit saï (Cyanerpes cyaneus), verdin de Hardwicke (Chloropsis hardwickii), merle shama (Copsychus malabaricus), colombe à bec jaune (Columbina cruziana), colombe diamant (Geopelia cuneata), spréo améthyste (Cinnyricinclus leucogaster), gallicolombe de Bartlett (Gallicolumba criniger), garrulaxe à queue rouge (Garrulax milnei), rossignol du Japon (Leiothrix lutea) et léiothrix à joues argent (Leiothrix argentauris).
Une rangée de volières grillagées se trouve à gauche et sont aménagées en fonction des diverses espèces qu'elles abritent : caurale soleil (Eurypyga helias), motmot à tête bleue (Momotus momota), guira cantara (Guira guira), calao à bec rouge (Tockus erythrorhynchus), tisserin doré (Ploceus capensis), toucan de Swainson (Ramphastos swainsonii) et guit-guit cérulen (Cyanerpes caeruleus). Une rangée de volières extérieures situées sur la façade du bâtiment sont reliées aux premières.
Dans la partie arrière du pavillon des oiseaux se trouvent quelques volières vitrées. Elles sont occupées par des arianes de Lesson (Amazilia amazilia), singulière espèce, des coryllis à tête bleue (Loriculus galgulus), des dacnis à coiffe bleue (Dacnis lineata), des diamants de Gould (Chloebia gouldiae), des diamants à longue queue (Poephila acuticauda) et des cailles peintes de Chine (Excalfactoria chinensis).
Une colonie de roussettes d'Egypte (Rousettus aegyptiacus) est habituellement présentée dans un petit nocturama aménagé à une extrémité du bâtiment. Celui-ci était en cours de rénovation au début de l'année 2004.

L'imposant restaurant du Zoo de Bâle, construit en 1935 et rénové en 1993, se trouve non loin de là. Une cafétéria est installée au rez-de-chaussée tandis qu'un véritable restaurant, également accessible de l'extérieur du zoo, occupe le premier étage. De vastes terrasses permettent d'observer les éléphants tout proches.
Des oies à tête barrée (Anser indicus) et des gallinules poule-d'eau (Gallinula chloropus) vivent dans un enclos situé à gauche du sentier.

Le Zoo de Bâle accueillit son premier éléphant en 1886. Il s'agissait d'une femelle asiatique nommée Miss Kumbuk provenant de Ceylan. Une installation spécifique fut érigée en 1891 et était alors considérée comme l'une des plus modernes en Europe. Suite à la mort de Miss Kumbuk en 1917, un nouvel éléphant asiatique, femelle nommée Miss Jenny, fut acquis en 1919.
En 1952, cinq éléphanteaux, trois mâles, Omari, Katoto et Tembo, et deux femelles, Ruaha et Idunda, furent importés de Tanzanie, nommée Tanganyika à cette époque. La construction d'une nouvelle installation fut décidée et celle-ci fut inaugurée en 1953. Elle était composée d'un bâtiment principal, contenant boxes et bassin intérieur, ainsi que d'un vaste enclos extérieur. Les rhinocéros unicornes de l'Inde et les hippopotames nains y furent également présentés de 1953 à 1959, date à laquelle ils intégrèrent leur nouveau pavillon.
Le groupe d'éléphants africains du Zoo de Bâle fut complété par de nouvelles acquisitions, dont une femelle nommée Beira importée du Mozambique en 1953. Deux éléphants asiatiques accompagnèrent le groupe entre 1961 et 1984. Le Zoo de Bâle n'avait malheureusement pas pu construire d'installations spécifiques pour le maintien d'un mâle adulte. Tembo fut rapidement transféré au Cirque Knie (Suisse) puis au Zoo d'Hanovre (Allemagne). Les deux autres jeunes mâles, nés en 1951, grandirent et devinrent de plus en plus dangereux. Omari dut être euthanasié en décembre 1965.
En janvier 1966, Ota, femelle, vit le jour à Bâle. Il s'agissait d'une première en Suisse et de la troisième naissance mondiale d'éléphant africain en captivité. Malheureusement, le deuxième mâle du parc devint également dangereux et dut être, lui aussi, euthanasié en 1972. Une pause dans l'élevage des éléphants à Bâle était donc imposée dans l'attente de la construction d'installations supplémentaires et de l'arrivée d'un nouveau mâle. Cela fut fait en 1984. Un nouveau bâtiment, voisin du pavillon des éléphants, fut aménagé ainsi qu'un deuxième enclos. Kenny, mâle né en 1968 et importé d'Ouganda par le Cirque Chipperfields en 1970, vécut d'abord au Zoo d'Hanovre (Allemagne) à partir de 1978 avant d'être accueilli à Bâle en août 1984.
La reproduction put à nouveau être envisagée. Malayka, également arrivée en 1984, accoucha le 20 mars 1992 mais malheureusement d'un mort-né. Mahari, arrivée en 1988, mis au monde un petit mâle le 9 avril 1992. Pambo fut élevé avec succès et représente la deuxième naissance viable du Zoo de Bâle. Il vit depuis juin 1997 au Tiergarten Schönbrunn à Vienne (Autriche) où il s'est déjà reproduit avec succès.
Kenny et Beira moururent en mai 1998 puis Mahari en février 1999. Trois jeunes animaux furent alors importés d'Afrique du Sud. Originaires de la Réserve de Tuli au Botswana, Rosy, Maya et Yoga arrivèrent au début de l'année 1999. La Réserve de Tuli, conçue initialement pour accueillir 300 éléphants, en contenait plus de 900 en 1999. Face à cette surpopulation, un certain nombre d'éléphants furent transférés en Afrique du Sud puis vers des espaces zoologiques occidentaux ou d'autres réserves africaines.
Calimero, éléphant africain mâle né en 1980, fut importé en 1982 par le Zoo de Rome (Italie). Le Zoo de Bâle l'accueillit en octobre 2000 pour une période initialement prévue d'un an. Calimero était destiné au Parc Beekse Bergen (Hollande) où une nouvelle installation était en cours de construction. Durant son séjour à Bâle, Calimero était censé féconder les femelles du zoo et ainsi permettre à l'élevage du Zoo de Bâle de prendre un nouvel essor. Malheureusement, et malgré les quatre années passées au zoo, aucun résultat concluant ne fut obtenu. C'est ainsi que Calimero est parti rejoindre un groupe de femelles à Beekse Bergen en avril 2004.

Le groupe d'éléphants d'Afrique (Loxodonta africana) du Zoo de Bâle est actuellement composé de six individus, un mâle et cinq femelles. Ceux-ci sont présentés dans l'installation de 1953 composée d'un enclos extérieur aménagé avec quelques troncs d'arbres et d'un pavillon divisé en deux vastes boxes séparés par un bassin. L'installation du mâle, située à l'arrière et non accessible directement par le public, est pour le moment inoccupée.
Ruaha est la matriarche du groupe. Née en 1951 en Tanzanie, elle a été importée en 1952. Elle est aujourd'hui considérée comme une des plus vieilles éléphantes en captivité. Malayka est née en 1971 en Afrique. Elle est arrivée au Cirque Knie en 1974 et y a passé sa jeunesse avant d'être transférée à Bâle le 30 novembre 1984. Heri est née en 1976 en Afrique du Sud. Elle a été importée en 1979 au Zoo d'Hanovre (Allemagne) puis est arrivée à Bâle le 24 août 1988. La nouvelle génération est représentée par les trois éléphants arrivés en 1999 en provenance d'Afrique du Sud. Rosy est née en 1995 au Botswana et Maya en 1994. Yoga, né en 1996, sera, dans quelques années, le mâle reproducteur du zoo ; il vit pour le moment au côté des femelles dans l'installation principale.

En face de l'installation des éléphants se trouve un kiosque de souvenirs et de friandises. A l'arrière de celui-ci, un groupe de grands kangourous gris de l'Ouest (Macropus fuliginosus) est présenté dans un enclos séparé des visiteurs par un fossé rempli d'eau. Des paons bleus (Pavo cristatus) vivent en liberté dans cette partie du parc.

La zone située à l'arrière de l'installation des éléphants a abrité historiquement le pavillon des fauves, où étaient présentées de nombreuses espèces. Celui-ci a été détruit à la fin des années 1990 pour permettre la construction d'une nouvelle installation africaine. Les travaux ont débuté dès 1999 et se sont étalés sur plusieurs phases jusqu'au début de l'année 2003.

Le pavillon Etoscha, constituant la première étape, a été inauguré en mars 2001. Cette dénomination provient du plus grand parc national de Namibie. Avec ses murs de glaise jaunâtre battue, évoquant la terre salée et argileuse de cette région du monde, la maison Etoscha est un pavillon thématique consacré aux chaînes alimentaires et aux cycles biologiques.
Le visiteur pénètre tout d'abord dans une salle où est figurée une sobre carte de l'Afrique, accompagnée d'une représentation de la chaîne alimentaire générale, sous forme d'un cycle. Un ponton en bois est bordé par quelques plantes succulentes. Le visiteur se retrouve rapidement face à une baie vitrée lui permettant d'apprécier, dès à présent, une partie de l'enclos des guépards (Acinonyx jubatus). Un élevage de criquets migrateurs (Locusta migratoria) est présenté au public et les différents stades de la vie de cet animal y sont illustrés par des individus vivants.
Des rats-taupes hottentots (Cryptomys hottentotus), espèce peu courante en parc zoologique, vivent dans une reconstitution de terriers. La visite dans la maison Etoscha se poursuit par deux vastes terrariums vitrés occupés d'une part par des souris rayées de Barbarie (Lemniscomys barbarus) et d'autre part par des macroscélides à oreilles courtes (Macroscelides proboscideus) cohabitant avec des tortues de Tornier (Malacochersus tornieri). Des écureuils fouisseurs du Cap (Xerus inauris), des damans des rochers (Procavia capensis) et des républicains sociaux (Philetairus socius) sont présentés dans un vaste enclos intérieur avec des rochers et plusieurs cours d'eau.
D'autres terrariums sont le lieu de vie de rats des moissons (Micromys minutus), de néphiles (Nephila sp.) vivant avec des vipères heurtantes (Bitis arietans), de cétoines (Pachnoda sp. & Eudicella sp.) et d'escargots géants d'Afrique (Achatina fulica & Achatina zebra). Un autre enclos intérieur est occupé par un groupe de suricates (Suricata suricatta). Des guêpiers écarlates (Merops nubicus) sont présentés dans une volière séparée des visiteurs par des fils de fer tendus verticalement. Une colonie d'abeilles (Apis mellifica carnica), installée dans une ruche vitrée, complète l'installation.
Deux enclos attenants au pavillon Etoscha et séparés entre eux par un cours d'eau permettent aux suricates d'évoluer à l'extérieur et sont également le lieu de vie de porcs-épics d'Afrique du Sud (Hystrix africaeaustralis). Les guêpiers écarlates possèdent également une volière extérieure. Une importante colonie de flamants roses (Phoenicopterus ruber roseus) est présentée dans un vaste enclos. Les succès de reproduction de la colonie de Bâle ont été reconnus dès 1959, lors de la première éclosion de cet animal en espace zoologique européen.

La deuxième phase de l'installation africaine a abouti à l'inauguration de trois enclos durant l'automne 2001. Le premier, de superficie importante, est aménagé autour d'un massif rocheux. La séparation avec les visiteurs est matérialisée par du grillage sur les deux faces et par des plans d'eau à l'avant et à l'arrière. Quatre guépards (Acinonyx jubatus), deux mâles et deux femelles, sont présentés dans cette installation. Cinq jeunes guépards naquirent en octobre 1993 à Bâle et ce fut une première pour le zoo, après de nombreuses années d'observations et d'études.
Des singes verts (Chlorocebus aethiops) vivent sur une île voisine de l'enclos des guépards. L'enclos des lycaons (Lycaon pictus) est situé à l'arrière de ces installations. Il est aménagé tout en longueur. Un couple de lycaons, constitué de Mombo et de Moremi, est arrivé en 2001. Une première portée de cinq lycaons a vu le jour à la fin de l'année 2002 et a été suivie d'une seconde de dix jeunes en décembre 2003. La meute est aujourd'hui composée de 17 individus, 8 mâles et 9 femelles. Les cinq premiers petits, ayant maintenant acquis l'expérience d'une vie de famille, seront transférés dans d'autres espaces zoologiques au courant de l'automne 2004. Une petite aire de jeux se trouve également dans cette zone.

Inauguré le 14 juin 2003, Gamgoas représente la troisième et dernière phase de l'installation africaine du Zoo de Bâle. Situé non loin du pavillon Etoscha, ce deuxième bâtiment est principalement consacré à un groupe de lions mais présente également des crocodiles du Nil et des termites. Pour les peuples de la brousse vivant à Etoscha, aussi appelés Bushmen, Gamgoas désigne le lieu où vivent les lions. Ce lieu se trouve non loin d'Halali, un des trois camps touristiques du Parc National Etoscha. Il est caractérisé par la présence de deux rochers dolomitiques. Selon les Bushmen, les lionnes donnent naissance à leur petit dans des cavernes creusées dans ces rochers.
L'enclos des lions (Panthera leo), aménagé en continuité de celui des lycaons, est constitué d'une vaste île rocheuse entourée d'un fossé rempli d'eau large de huit mètres. Trois jeunes lions, un mâle et deux femelles, sont arrivés à Bâle durant l'automne 2003. Ces animaux, originaires de Namibie, participaient à un programme de réintroduction de cette espèce dans les parcs nationaux du nord-ouest de l'Afrique du Sud. Habitués seulement à la présence de véhicules motorisés, ils ont mis plusieurs mois à s'adapter à leur nouvel enclos et au passage de visiteurs. Finalement, la curiosité a été plus forte que l'appréhension et les lions sont maintenant habitués à leur enclos où ils cohabitent avec un groupe de mangoustes fauves (Cynictis penicillata).
En pénétrant dans le bâtiment Gamgoas, le visiteur trouve à sa droite une autre approche de l'enclos des lions par l'intermédiaire de larges baies vitrées. Une rampe d'accès le mène jusqu'à l'enclos des crocodiles du Nil (Crocodylus niloticus), constitué de deux bassins et de plusieurs monticules rocheux. Le deuxième bassin, situé en contrebas, est aménagé avec de larges baies vitrées à sa base permettant aux visiteurs d'observer les animaux lors de leurs évolutions sous-marines aux côtés des cichlidés (Cichlidae sp.), qui occupent également le bassin. Les crocodiles présentés à Bâle sont originaires de La Ferme aux Crocodiles de Pierrelatte (France).
La partie centrale du bâtiment est aménagée avec de nombreux dispositifs pédagogiques pour sensibiliser le public aux relations étroites qui unissent la nature, les animaux et les hommes. Un hommage est rendu au premier rhinocéros unicorne de l'Inde né en captivité, sous forme d'une représentation en trois dimensions, grandeur nature, de l'animal à sa naissance en 1956.
Deux colonies de termites (Macrotermes bellicosus) vivent également dans cette installation. La première est présentée derrière une baie vitrée dans un bac spécialement aménagé et permettant l'observation de leur vie communautaire, grâce à de petites caméras que le visiteur peut orienter à sa guise. La seconde vit dans un enclos entouré d'un mince filet d'eau. Des caméléons casqués du Yemen (Chamaeleo calyptratus) sont également présentés dans cette installation. Ce type de présentation, singulier en espace zoologique, a un intérêt pédagogique notable.

Le pavillon des antilopes, construit en 1910, reflète le style de ce début de siècle. Le gracieux bâtiment aux formes géométriques est entouré de quatre enclos et comporte de nombreux boxes intérieurs pour les animaux.
Le premier enclos, séparé des visiteurs par un fossé rempli d'eau, est occupé par un groupe de petits koudous (Tragelaphus imberbis), espèce peu courante en captivité. Ces animaux ont également accès à l'enclos voisin des girafes, par des ouvertures découpées dans le grillage, mais ne permettant pas le passage des grands animaux que sont les girafes. Le deuxième enclos, séparé des visiteurs par un discret grillage à larges mailles, est le lieu de vie d'un groupe reproducteur de girafes Masai (Giraffa camelopardalis tippelskirchi), une des sous-espèces de girafes les plus rares dans les espaces zoologiques européens. Le Zoo de Bâle a accueilli sa première girafe en 1912 et la première naissance a eu lieu en 1952. Les deux couples d'okapis (Okapia johnstoni) du Zoo de Bâle sont présentés dans les deux enclos voisins. Ces derniers sont séparés des visiteurs par d'harmonieux plans d'eau. Le premier okapi arriva à Bâle dès 1949. La première naissance a eu lieu en 1957 et fut suivie par plus de 20 autres mises au monde jusqu'à aujourd'hui.

Des mouflons européens (Ovis orientalis musimon) sont présentés non loin de là dans un enclos avec en son centre un monticule rocheux. Quelques enclos voisins sont le lieu de vie d'agoutis (Dasyprocta sp.) et d'un groupe de chiens de prairie sociaux (Cynomys ludovicianus). Le "château des hiboux", rénové en 1983, est constitué de plusieurs volières intégrées à une construction rappelant une ruine historique. Des chouettes à lunettes (Pulsatrix perspicillata) et des grands-ducs d'Europe (Bubo bubo) y sont présentés.

Le Zoo de Bâle acheta de nouveaux terrains en 1934 et l'inauguration en 1939 du Sautergarten permit au parc d'ouvrir de nouvelles installations. Une voie ferrée séparant la superficie principale du zoo de cette extension, un passage dut être créé. Celui-ci traversé, le visiteur trouve à sa gauche plusieurs volières construites en 1986. Des fils tendus verticalement permettent de contenir les oiseaux tout en rendant l'observation des animaux toujours agréable. Ce type de contention, utilisé dès le début du XXe siècle au Zoo de Berlin (Allemagne), est longtemps resté oublié avant d'être généralisé à une époque très récente dans les parcs zoologiques modernes.
La première volière, de petite taille et n'offrant qu'un volume réduit, est occupée par des harfangs des neiges (Nyctea scandiaca). Un condor des Andes (Vultur gryphus) vit dans la seconde, beaucoup plus impressionnante. Une cohabitation a été tentée à titre d'essai et s'est avérée possible. Un grand corbeau (Corvus corax), également charognard, partage aujourd'hui la volière avec le condor des Andes. Des gypaètes barbus (Gypaetus barbatus) sont présentés dans la troisième et dernière volière.

L'installation des rhinocéros et des hippopotames nains est située à droite du sentier. Inaugurée en 1959, elle est constituée d'un pavillon et de plusieurs enclos extérieurs. Ces derniers ont été rénovés en 1986. Les rhinocéros disposent d'un vaste enclos principal, séparé des visiteurs par un fossé sec, et d'un enclos secondaire, non visible du public et utilisé pour séparer le mâle des femelles. Le sol de ces enclos est recouvert d'un substrat d'écorces tandis que de nombreux rochers mais également des troncs d'arbres nus agrémentent l'installation. Un bassin est situé au centre de l'enclos principal.
A l'intérieur, les rhinocéros disposent de plusieurs boxes et d'un bassin. Il en est de même pour les hippopotames nains. Les deux enclos extérieurs de ces derniers sont, par contre, de plus petite taille et aménagés avec des bassins plus importants.

Le premier rhinocéros unicorne de l'Inde (Rhinoceros unicornis), présenté à Bâle, fut un mâle nommé Gadadhar arrivé en mai 1951. Une femelle, Joymothi, le rejoignit en juillet 1952 et un couple fut ainsi formé. Celui-ci s'avéra reproducteur et une première naissance eut lieu en septembre 1956. Il s'agissait d'une première en captivité pour cette espèce. Le Zoo de Bâle assista à 28 naissances entre 1956 et 1996 et il reste aujourd'hui l'un des parcs où les rhinocéros unicorne de l'Inde se sont reproduits avec succès le plus grand nombre de fois. Trois individus, un mâle et deux femelles, vivent actuellement à Bâle. Ellora est née à Bâle le 16 janvier 1982. Quetta, une de ses filles, est née le 10 octobre 1993. Jaffna, mâle né au Wild Animal Park de San Diego (États-Unis) le 18 mars 1994, a été transféré à Bâle le 29 mars 1996.

Le premier hippopotame nain (Hexaprotodon liberiensis) présenté à Bâle fut un mâle nommé Sami arrivé en novembre 1929. Une femelle le rejoignit en juin 1930 mais décéda en juin 1931. Elle fut remplacée par Suma en mai 1931 et un couple fut ainsi formé. Celui-ci s'avéra prolifique et une première naissance eut lieu en avril 1934, malheureusement le petit ne survécut pas à son premier jour. Une deuxième naissance, cette fois viable, eut lieu en février 1935. Le Zoo de Bâle assista à 72 naissances entre 1934 et 1997. Une majorité des animaux présentés aujourd'hui en captivité sont issus directement ou indirectement de l'élevage du Zoo de Bâle. Trois individus, un mâle et deux femelles, vivent actuellement à Bâle. Durant la période hivernale, ces animaux sont présentés uniquement dans leurs installations intérieures.
Du fait de l'expérience quant à l'élevage de ces deux espèces, acquise tout au long de l'histoire du Zoo de Bâle, celui-ci s'est vu confié les programmes européens d'élevage (EEP) pour ces espèces et compile également les stud-books internationaux.

L'ancien pavillon des perroquets a été complètement rénové en 1997 et est maintenant constitué d'une unique volière intérieure où vivent, en contact direct avec le public, des loriquets (Trichoglossus haematodus). Ces derniers sont présentés au sein d'une flore naturelle, ce qui est d'habitude difficile en captivité du fait de la destruction intensive des végétaux par ces animaux. Des études concernant les espèces de plantes détruites ont été effectuées dès 1997 et ont permis de déterminer les espèces qui pourraient survivre dans la maison des loriquets. L'agrandissement de l'installation par la rénovation des volières extérieures au début de l'année 2004 permet aujourd'hui la cohabitation de deux sous-espèces, une dizaine de loriquets à tête bleue (Trichoglossus haematodus caeruleiceps) et une dizaine de loriquets arc-en-ciel (Trichoglossus haematodus haematodus). L'utilisation des volières extérieures permet maintenant aux loriquets d'apprécier également la lumière du soleil ou la pluie naturelle et une période de récupération peut être offerte aux plantations du fait de l'alternance entre présentations extérieure et intérieure.
Des bernaches nénés (Branta sandvicensis) occupent un enclos voisin tandis qu'un groupe de manchots du Cap (Spheniscus demersus) est présenté dans une petite installation construite en 1938, constituée d'un bassin et de niches de couvaison.

Les énormes rochers artificiels situés au centre du Sautergarten ont été érigés en 1938. Ils délimitent deux enclos, conçus à l'origine pour la présentation de thars de l'Himalaya (Hemitragus jemlahicus) et de bouquetins. L'enclos de ces derniers a été complètement restructuré en 1999 et abrite depuis cette date les panthères des neiges (Uncia uncia) du Zoo de Bâle. Une large plateforme, des installations intérieures chauffées et de multiples possibilités de retraite ont été créées. Les thars, quant à eux, possèdent de nombreuses possibilités d'escalades vertigineuses.
Les rennes (Rangifer tarandus) sont présentés dans un enclos voisin, inauguré en 1982.

En quittant le Sautergarten, le visiteur trouve à sa droite le bassin des otaries construit en 1922 selon les conceptions de Carl Hagenbeck. Un fond rocheux domine le bassin, bordé par d'importants gradins. Un groupe reproducteur de lions de mer de Californie (Zalophus californianus) vit actuellement dans cette installation.
L'allée qui descend à l'arrière du bassin des otaries mène à la partie basse du Zoo de Bâle. Une volière hexagonale, située à gauche du sentier, abrite des ibis chauves (Geronticus eremita). Un groupe de sangliers d'Eurasie (Sus scrofa) est présenté à droite dans un enclos boueux. Des boeufs Highland (Bos taurus) et des bisons d'Amérique (Bison bison) occupent des enclos séparés des visiteurs par un mince cours d'eau.
Des loups communs (Canis lupus) sont présentés dans un enclos aménagé en 1983 et séparé du public par un fossé rempli d'eau. Des coscorobas blancs (Coscoroba coscoroba) vivent dans le cours d'eau qui séparent les visiteurs de l'enclos des lamas (Lama glama). Une volière abrite des chevêches d'Athéna (Athena noctua) tandis que des chameaux domestiques (Camelus bactrianus) occupent un enclos situé à droite du sentier. Des hippotragues noirs (Hippotragus niger) cohabitent avec des diks-diks de Kirk (Madoqua kirkii) dans un vaste enclos aménagé en 1979.

Le Kinderzoo ou "zoo pour enfants" du Zoo de Bâle se situe en contrebas. Il a été inauguré en 1977 pour créer des relations privilégiées entre les enfants et les animaux. Les jeunes Bâlois peuvent, dès l'âge de huit ans, participer à l'entretien des différentes espèces qui vivent dans cette zone du parc. Un bâtiment principal, constitué de plusieurs boxes, est complété par des enclos où vivent des poules (Gallus domesticus), des zébus nains (Bos indicus), des chèvres grisonnes noires (Capra hircus), des porcs miniatures (Sus domesticus), des chèvres paons (Capra hircus), des chèvres naines (Capra hircus), plusieurs races de poneys (Equus caballus), Shetland, gallois et Welsh, des ânes nains (Equus asinus) et des moutons domestiques (Ovis aries).
L'enclos des chèvres naines est un enclos de contact, apprécié des jeunes enfants. Un tour à dos de poney est également proposé pour 1 CHF (environ 0,70 €).
Des hérons cendrés (Ardea cinerea) et des cigognes blanches (Ciconia ciconia ciconia) sont présentés dans un vaste enclos agrémenté de bassins.

Avant d'atteindre la sortie, le visiteur trouve à sa droite deux enclos, délimités par des fossés remplis d'eau, abritant respectivement des ânes sauvages de Somalie (Equus asinus somalicus) et des bongos (Tragelaphus eurycerus). Ces derniers cohabitent dans leur enclos avec quelques calaos terrestres du Sud (Bucorvus leadbeateri).
En 1970, le Zoo de Bâle importa cinq ânes sauvages de Somalie et trois bongos. La première espèce était alors non représentée en captivité et un groupe reproducteur put être créé à Bâle. Les descendants de ces cinq animaux vivent aujourd'hui dans une dizaine d'espaces zoologiques à travers le monde. Les bongos étaient également une espèce peu courante en captivité et dont la reproduction était considérée comme difficile. Les trois animaux importés à Bâle s'adaptèrent à leur nouvel enclos et un premier bongo vit le jour dès 1975.

En conclusion, le Zoo de Bâle a su, sur une superficie relativement réduite, allier une riche collection animale, des installations modernes et d'intéressantes cohabitations pour répondre aux quatre buts qu'il s'est donné : il offre ainsi aujourd'hui le repos à ses visiteurs, permet leur éducation, participe activement à la recherche zoologique et joue un rôle dans la conservation de la biodiversité. De plus, les nombreuses naissances d'espèces rares au Zoo de Bâle lui ont permis d'acquérir une réputation internationale. Enfin, de nombreux projets de rénovations d'installations vieillissantes sont en cours à l'heure actuelle.